หลังจากขายปาเจโรโฉมสองได้สักพักก็ถึงเวลาต้องปรับโฉมแบบไมเนอร์เชนจ์กันบ้างโดยเหลือแค่เครื่องยนต์ DOHC ขนาด 3.5 ลิตร 24 วาล์วพร้อม ECI-Multi ที่เปิดตัวกันในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2536
ในรุ่นที่สองจะใช้ระบบขับเคลื่อน Super Select 4WD ที่รวมข้อดีของระบบขับเคลื่อนสี่ล้อแบบพาร์ทไทม์และแบบเต็มเวลาเข้าด้วยกัน มี 4 ตัวเลือก: 2H ( ระบบขับเคลื่อนล้อหลังความเร็วสูง), 4H (ระบบขับเคลื่อนสี่ล้อเต็มเวลาความเร็วสูง), 4HLc (ระบบขับเคลื่อนสี่ล้อความเร็วสูงพร้อมเฟืองท้ายแบบล็อก) และ 4LLc (ระบบขับเคลื่อนสี่ล้อความเร็วต่ำพร้อมเฟืองท้ายแบบล็อก)
ข้อดีของระบบขับเคลื่อนแบบนี้ทำให้ผู้ขับขี่สามารถสลับระหว่างระบบขับเคลื่อนสองล้อและขับเคลื่อนสี่ล้อเต็มเวลาได้ด้วยความเร็วสูงถึง 80 กม. / ชม. ในขณะที่ปาเจโรรุ่นแรกที่ใช้ ระบบ 4WD แบบดั้งเดิมจะต้องหยุดนิ่งเพื่อเปลี่ยนจากขับเคลื่อนล้อหลังเป็นขับเคลื่อนสี่ล้อ
